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2003 년 2 월 28 일

데이터 마이닝을 사용한 유전자 발현 분석 방법

다량의 유전자 발현 데이터에 순위가 매겨 질 수 있습니다


카지노사이트. System Development Research Institute (Director : Kosaka Mitsutaka) 현재 데이터 마이닝 작업1)새로운 유전자 발현 분석 방법이 기술을 사용하여 개발되었습니다. 이 방법은 많은 유전자에 대한 발현 데이터의 독특한 발현 패턴을 발견하고, 기존 유전자 데이터베이스의 정보와 함께 인간이 이해하기 쉬운 IF-then 규칙 형식으로 분석 결과를 나타냅니다. DNA 마이크로 어레이2)에서 얻은 수많은 유전자 발현 데이터를 분석하고 이해하는 데 도움이되는 방법입니다.

최근 몇 년 동안, DNA 마이크로 어레이 기술을 통해 한 번에 수천에서 1 만 유전자에 대한 발현 데이터를 측정 할 수있었습니다. 동시에, 짧은 시간에 많은 양의 표현 데이터를 분석하고 결과를 이해하는 것이 중요합니다. 소비자 선호도 분석 및 웹 브라우징 트렌드 분석과 같은 다양한 분야에서 사용되는 데이터 마이닝은 이전에 (1) 데이터 시각화, (2) 클러스터링을 포함한 유전자 발현 데이터 분석에 적용되었습니다.3)그리고 다른 사람들은 수행되었습니다. 그러나 전통적인 데이터 마이닝 응용 분야에서 특징을 발현 데이터로부터 추출하고 시각화 할 수 있지만, 사용자가 원하는 개별 사건 (예 : 질병)에 해당하는 발현 패턴을 명확히하기위한 목적에는 적합하지 않았다.

이러한 배경에 비해 Systems Development Institute는 사용자가 목표 이벤트를 지정하고 몇 가지 강력한 관계 패턴을 발견하고 순위를 매기고 IF 규칙의 형태로 제시 할 때 데이터 마이닝이 적용되는 방법을 개발했습니다.4). 기존의 방법과 비교 하여이 분석 방법은 다음과 같은 기능이 있습니다.
(1) 사용자가 지정한 대상 이벤트에 대해 강력한 관계 표현 패턴을 발견 할 수 있습니다.
(2) 개별 유전자와의 다중 유전자 (2-3)의 조합과 표적 사건 사이의 관계를 발견 할 수 있습니다.
(3) 대상 이벤트에 대한 고도로 관련된 표현식의 여러 패턴이 순위를 매기기 때문에 다양한 관점에서 데이터 분석이 가능합니다.

우리는 이번에 개발 한 분석 방법이 생물학의 기본 연구를 지원하고 게놈 약물 발견 및 맞춤형 의학과 같은 응용 분야의 연구에 유용하기를 바랍니다.
이 기술은 2003 년 3 월 25 일부터 27 일까지 도쿄 공과 대학에서 개최 될 65 차 전국 정보 처리 협회 회의에서 발표 될 예정입니다.

[참고]
1) 데이터 마이닝
컴퓨터를 사용하여 많은 양의 데이터에서 규칙 성과 인과 관계를 추출하는 방법에 대한 일반적인 용어.

2) DNA 마이크로 어레이
특정 DNA 서열을 검출하는 프로브는 유리 슬라이드 또는 다른 기질 상에 놓고, 세포에서 발현 된 유전자 (단백질이 합성되는 곳)를 검출하는데 사용된다.

3) 클러스터링
유사한 발현 패턴을 가진 유전자 쌍을 발견하는 방법. 감독되지 않은 클러스터링이라고도합니다.

4)는 if-then 규칙 형식으로 사용자가 지정한 대상 이벤트의 강력한 관련 표현 패턴을 표시합니다. 표적 사건은 특정 유전자의 발현 수준의 크기와 특정 표현형 (예 : 질병, 약물 감수성 등)을 설정하는 것입니다. 예를 들어, 대상 이벤트 "약물 x에 대한 높은 민감도"를 설정하면 데이터 마이닝이 다음과 같은 조치를 취합니다.
     IF : 유전자 A의 낮은 발현 수준; 및 : 유전자 B의 높은 발현 수준
     그런 다음 약물 x
와 같은 규칙이 있습니다. 이러한 규칙을 가이드로 사용하여 사용자는 유전자가 많은 유전자 중에서 초점을 맞추기 위해 좁아 질 수 있습니다. 또한, 이미 알려진 유전자 기능 및 기타 알려진 유전자 기능과 같은 추가 정보가 유전자 데이터베이스에서 검색되어 규칙과 함께 사용자에게 제시됩니다. 이를 통해 규칙의 의미를 쉽게 이해할 수 있습니다. 위에서 언급했듯이, 다수의 유전자에서 흥미로운 유전자를 발견하고 추가 정보와 함께 제시함으로써, 우리는 유전자 발현 데이터의 분석 및 이해를 지원합니다.






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